El joven Lucas vive con su tía religiosa en una tranquila ciudad rural. Pero esta pequeña vida agitada es con los días contados cuando la tía caritativa anuncia la llegada de otro sobrino Mario, recién salido de la cárcel.
La película comienza con el nacimiento de la empresa del científico Seth Brundle (interpretado por Jeff Goldblum en la primera película). La mujer (que en la película de 1986 fue interpretada por Geena Davis) muere asustada dando a luz a una larva de una mosca en la que, sin embargo, hay un niño físicamente normal. Aunque no se nota en su nacimiento, el niño está sufriendo del síndrome de Brundle, y crece rápidamente, tanto física como intelectualmente. A los cinco años tiene ya la apariencia de un hombre de 25.
La gran manzana está en grandes problemas, como indestructible psico fiend Jason Vorhees llega a la carretera a la ciudad de Nueva York. Después de un sorprendente regreso de más allá de la tumba, el diabólico Jason envía un "barco de amor" lleno de adolescentes con destino a Nueva York, que pronto transformará en el último viaje de los condenados. Entonces una de sus víctimas aterrorizadas se escapa en el laberinto de pesadilla de los subterráneos y alcantarillas de Manhattan, sólo para confrontar a Jason una última vez.
