En un futuro distópico donde la humanidad lucha por sobrevivir, un grupo de científicos se encuentra investigando unos extraños fósiles en el fondo del océano, sin saber que han despertado a un antiguo y horrendo terror. La inesperada aparición de Godzilla, una fuerza destructiva que ha atormentado Japón desde hace décadas, amenaza con alterar el equilibrio del mundo.

En un mundo marcado por la amenaza de los seres mutantes, la humanidad se enfrenta a una nueva preocupación: una planta gigantesca creada a partir del ADN de Godzilla y de un ser humano. Esta planta, conocida como Biollante, ha adquirido una inteligencia propia y se revela como un ser aterrador que combina lo mejor de los mundos vegetal y animal. Mientras tanto, Godzilla emerge una vez más del océano para reclamar su territorio y desatar el caos, lo que provoca una alarma en el gobierno japonés.