Tras resolver el caso de asesinato de Taizo Kurokawa, Conan se reúne con el Prof. Agasa. Allí Conan revisa la correspondencia de su casa y encuentra una invitación del arquitecto Teiji Moriya para Shinichi Kudo. Al no no poder asistir como Shinichi, Conan decide llamar a Ran para que ella se haga presente en la fiesta del Sr. Moriya. Ran acepta pero con la condición de reunirse a ver una película en el cine el sábado en la noche; ademas le pregunta cual es su color favorito ¿Azul o Rojo? y Conan le responde que el Rojo.

Nos encontramos en un futuro lejano e indeterminado donde existen dos mundos: la ciudad flotante donde viven los mejores seres humanos entendidos como una raza superior, y la ciudad de los desperdicios, que es la tierra, donde va a parar toda la basura de la ciudad flotante y donde se encuentran los yonkis, renegados, androides, y el resto de humanos calificados de purria. En el mundo de los desperdicios un doctor y mecánico de cyborgs llamado Ido encuentra una cabeza de androide con cerebro humano a la que llama Alita (Gally) a la que consigue un cuerpo.