En un mundo donde las criaturas gigantes han dejado una profunda huella en la humanidad, una nueva amenaza emerge del caos: un ser conocido como Destoroyah, una monstruosa manifestación del material peligroso creado por el propio Godzilla. Mientras el rey de los monstruos comienza a mostrar signos alarmantes de un colapso inminente en su organismo, un grupo de científicos intenta descubrir una forma de detener la destrucción inminente causada por esta nueva criatura.