En 1879, Kenshin y sus aliados se enfrentan a los enemigos más poderosos que jamás hayan conocido: su excuñado Enishi Yukishiro y sus secuaces, que juraron venganza.
El policía Takabe investiga unos extraños asesinatos. Las víctimas aparecen con una herida de arma blanca en forma de "x" y los culpables son personas totalmente normales sin ningun motivo para haber cometido el asesinato. Takabe empieza a sospechar que algo está influenciando a la gente para matar.