En un mundo devastado por una crisis energética y la sombra del pasado, nos encontramos con Cloud Strife, un exmercenario atormentado por sus remordimientos y la culpa por las cicatrices que dejó la guerra. Han pasado dos años desde la épica batalla contra Sephiroth, pero el eco de aquel conflicto aún resuena en la vida de Cloud, quien se ha recluido en su propio dolor, intentando encontrar la paz en un mundo que sigue en reconstrucción.

En un inquietante viaje a la oscuridad de la mente humana, seguimos a un detective llamado Takabe, quien es asignado a un extraño caso de asesinos en serie que están dejando un rastro de víctimas sin vida, todas con un patrón particular: una marca en forma de círculo en sus cuellos. A medida que investiga, Takabe se enfrenta a un enigmático prisionero llamado Mamiya, un hombre que parece tener la habilidad de manipular la mente de las personas a su alrededor.