Después de haber descubierto los secretos de la legendaria ciudad perdida, Milo Thatch está de vuelta en el mundo moderno, listo para compartir sus hallazgos con el mundo. Sin embargo, la vida no ha vuelto a ser normal para él. Tras regresar a la superficie, Milo y sus amigos de Atlantis, incluyendo a la intrépida princesa Kida, se ven atrapados en una serie de aventuras emocionantes y peligrosas. Cuando comienzan a surgir misteriosos acontecimientos en el océano, el grupo descubre que hay más de lo que parece.