Los hombres de negro confunden a Sonoko con Haibara, debido a esto intentarán atentar contra su vida. Por otro lado en el rascacielos donde casualmente están Conan, Ran, Ai, los niños, etc. ponen una bomba y se quedarán atrapados en él.

Inu Yasha es un semidemonio que ha pasado cincuenta años encadenado a un Árbol Sagrado. Ha sido liberado de su encierro por Kagome, una chica que viajó 500 años en el tiempo hasta el Japón feudal. Desde entonces, ambos intentan reunir los fragmentos de la Joya de los Cuatro Espíritus, que resultó dispersada por accidente. Juntos se tendrán que enfrentar con el demonio chino Menomaru, despertado de su letargo gracias a una astilla de la Joya de los Cuatro Espíritus.

La historia tiene lugar en un restaurante submarino llamado "Aqua Crystal" que se asemeja a una base espacial futurista. Los hombres y mujeres que se han dado cita en el restaurante son, entre otros, una hermosa modelo, un locutor de televisión así como Conan. Mientras disfrutan de un exquisito y delicioso vino durante la cena, los comensales del restaurante desconocen que su vida está en peligro y que están amenazados por un loco asesino en serie. Este psicópata asesino cumple sus planes de forma impecable y ordenada.