En un mundo donde la conspiración y lo inexplicable se cruzan constantemente, dos agentes del FBI, Mulder y Scully, se embarcan en una peligrosa misión que los lleva a desenterrar oscuros secretos del gobierno. Después de que varias desapariciones misteriosas y avistamientos de ovnis salpican el territorio estadounidense, Mulder, un ferviente creyente en lo paranormal, cree firmemente que hay algo más allá de la lógica. Scully, por otro lado, es la escéptica fría y analítica, traída para desacreditar las teorías de su compañero.