En una galaxia en el umbral de la guerra, la amenaza de la separatista Confederación de Sistemas Independientes se cierne sobre la República. Con el Senado paralizado por la corrupción y el miedo, la joven senadora Padmé Amidala se convierte en el objetivo de un atentado que busca desestabilizar aún más la situación política. Para protegerla, el Consejo Jedi asigna al aprendiz Anakin Skywalker, un joven con un gran potencial en la Fuerza, junto con su mentor, el maestro Obi-Wan Kenobi.

En un mundo donde la realidad es solo una ilusión, un hacker llamado Neo comienza a preguntarse sobre su existencia y el verdadero significado de su vida. Tras unas extrañas experiencias con una misteriosa figura llamada Morfeo, se ve inmerso en un viaje que cambiará su percepción del universo. Morfeo es un líder de la resistencia humana que cree firmemente que Neo es "el Elegido", aquel que salvará a la humanidad de las máquinas que han tomado el control del mundo.