Cuando Pikachu es llevado al Árbol de los Comienzos por el juguetón Mew, Ash Ketchum y sus amigos son guiados al árbol por Lucario, un Pokémon desplazado en el tiempo que busca respuestas sobre la traición de su maestro.

Todos tus personajes favoritos de Pokémon están de vuelta, y se unen por primera vez por los legendarios Pokémon Celebi y Suicune, en esta última emocionante aventura de Pokémon! Para escapar de un codicioso cazador de Pokémon, Celebi debe usar lo último de su energía para viajar a través del tiempo hasta nuestros días. Celebi trae consigo a Sammy, un chico que había estado tratando de protegerlo. Junto con Ash, Pikachu y el resto de la pandilla, Sammy y Celebi encuentran un enemigo mucho más avanzado que el cazador dejado atrás en el pasado.