Tony Stark, el genio ingeniero y millonario detrás de la armadura de Iron Man, se encuentra en un momento de crisis personal. Después de los eventos traumáticos de Nueva York, que vimos en la batalla contra los extraterrestres en Los Vengadores, sufre de insomnio y ansiedad. Mientras trata de encontrar un sentido a su vida, su mundo se tambalea cuando un terrorista conocido como el Mandarín lanza una serie de ataques devastadores, dejando a la nación en caos y a Tony en la mira de la venganza.

En un mundo amenazado por fuerzas oscuras, el director de S.H.I.E.L.D., Nick Fury, se enfrenta a una crisis existencial cuando su proyecto, que busca unir superhéroes y crear un equipo formidable, se enfrenta a su mayor desafío. Loki, el dios de las travesuras, regresa a la Tierra con un plan malvado: dominarla utilizando el poder del Tesseracto, un artefacto cósmico capaz de abrir portales interdimensionales. La situación se vuelve crítica cuando Loki se apodera del Tesseracto y comienza a manipular a las fuerzas alienígenas para que invadan nuestro planeta.

En octubre de 1962, la tensión mundial alcanza su punto máximo cuando Estados Unidos descubre que la Unión Soviética ha instalado misiles nucleares en Cuba, a solo 90 millas de su costa. La historia sigue de cerca a un pequeño grupo de asesores del presidente John F. Kennedy mientras lidian con la creciente crisis que podría llevar al mundo al borde de una guerra nuclear. En medio del pánico y la presión, el joven presidente y su hermano, Robert Kennedy, se convierten en los líderes de una batalla contra el tiempo y la diplomacia.