Un grupo de élite de pingüinos, Skipper, Kowalski, Rico y Cabo, se encuentra en plena misión para salvar al mundo de un villano inesperado. Cuando el astuto doctor Octavius Brine, un foca con un plan maestro para dominar el planeta, amenaza a los habitantes de la Tierra, nuestros héroes emplumados deben dejar atrás su vida de lujos en el zoológico de Nueva York. Con el apoyo de una organización secreta llamada la Liga de los Animales, liderada por el carismático lobo de mar, Classified, los pingüinos comienzan una frenética carrera contra el tiempo.