En una tranquila ciudad, un niño llamado Lucas se siente abrumado por las constantes burlas de sus compañeros y la presión de la vida cotidiana. Su forma de lidiar con el estrés es atacar el hormiguero de su jardín, destruyéndolo sin pensar en las consecuencias. Sin embargo, su vida da un giro inesperado cuando, tras un accidente mágico, es reducido al tamaño de una hormiga y se encuentra atrapado en el mundo subterráneo de estas pequeñas criaturas.

En un sorprendente cruce entre dos mundos animados, los queridos personajes de "Los padrinos mágicos" y "Jimmy Neutron: El niño genio" se unen para vivir una aventura épica. La historia comienza cuando Timmy Turner, quien siempre ha querido ser un niño más especial, decide usar su deseo mágico para visitar el mundo de los genios. Paradójicamente, esto no resulta ser la escapatoria que esperaba. Al llegar, se da cuenta de que la inteligencia de Jimmy Neutron podría poner a prueba los poderes de sus padrinos mágicos.

En un mundo donde los niños son reyes y la ciencia es la clave para todo, un pequeño genio llamado Jimmy Neutron se enfrenta a su mayor desafío. Este joven inventor tiene un cerebro que claramente está a otro nivel: su laboratorio secreto está repleto de artilugios impresionantes y, como era de esperar, su alta inteligencia lo ha hecho un poco socialmente torpe entre sus compañeros. Sin embargo, cuando los adultos de la ciudad son secuestrados por unas misteriosas criaturas de otro planeta, el destino de todos los niños depende de él.