Sin saberlo, le abrió las puertas al caos. Ahora, Suzume, una chica de diecisiete años, trabaja codo a codo con un misterioso aliado para evitar que Japón sufra más calamidades.
Mitsuha es la hija del alcalde de una pequeña ciudad de montaña. Es una joven sencilla de escuela secundaria que vive con su hermana y su abuela y no tiene ningún reparo en que se sepa que no está interesada en los rituales sintoístas ni en ayudar a la campaña electoral de su padre. En su lugar sueña con abandonar la aburrida ciudad y probar suerte en Tokio. Taki es un chico de secundaria en Tokio que trabaja medio tiempo en un restaurante italiano y aspira a convertirse en arquitecto o artista. Cada noche tiene un extraño sueño donde se convierte...
Takao, quien está entrenando para convertirse en un zapatero, se salta la escuela para dibujar zapatos en un jardín de estilo japonés, un día se encuentra con una misteriosa mujer, Yukino, que es mayor que él. Los dos se comienzan a ver una y otra vez, pero sólo en días de lluvia. Con el tiempo ellos empiezan a profundizar su relación y a abrirse el uno al otro. Pero el final de la temporada de lluvias está muy cerca.
Takaki y Akari son dos compañeros de clase en la escuela primaria. Durante su tiempo juntos se volvieron amigos cercanos. Su relación es puesta a prueba cuando Akari se muda a otra ciudad debido al trabajo de sus padres. Ambos sufren dificultades para mantener su amistad viva, mientras el tiempo y la distancia lentamente los separa. Cuando Takaki se entera que se muda a un lugar más lejano, decide visitar a Akari por última vez.