La historia comienza con Sonic disfrutando de su nueva vida en Green Hills, donde se siente como un auténtico héroe. Sin embargo, su tranquilidad se ve interrumpida con la llegada de un viejo conocido, el temible Dr. Robotnik, que ha regresado con un nuevo aliado: Knuckles, un erizo rojo con una fuerza impresionante y un rencor hacia Sonic. Juntos, intentan apoderarse de una esmeralda que tiene el poder de destruir civilizaciones.
