Neo y sus aliados corren contra el tiempo antes de que las máquinas descubran la ciudad de Zion y la destruyan. Mientras busca la verdad sobre la Matrix, Neo debe salvar a Trinity de un oscuro destino.
La ciudad humana de Zion se defiende de la invasión masiva de las máquinas mientras Neo lucha por terminar la guerra en otro frente y también se opone al agente Smith.
