En un rincón distante de la galaxia, la República está sumida en una feroz guerra contra los separatistas, liderados por el temido Conde Dooku. Mientras la batalla se intensifica, Jedi como Anakin Skywalker y su mentora, la valerosa Ahsoka Tano, se encuentran en una misión crítica para liberar a un grupo de tales trudences llamado Jabba el Hutt. El pequeño hijo de Jabba ha sido secuestrado por los separatistas, y la estabilidad en el sistema estelar depende de su rescate.

Después de haber descubierto los secretos de la legendaria ciudad perdida, Milo Thatch está de vuelta en el mundo moderno, listo para compartir sus hallazgos con el mundo. Sin embargo, la vida no ha vuelto a ser normal para él. Tras regresar a la superficie, Milo y sus amigos de Atlantis, incluyendo a la intrépida princesa Kida, se ven atrapados en una serie de aventuras emocionantes y peligrosas. Cuando comienzan a surgir misteriosos acontecimientos en el océano, el grupo descubre que hay más de lo que parece.