En una odisea submarina llena de peculiaridades y humor, un documentarista de vida marina y ex aventurero, Steve Zissou, se embarca en una misión sin precedentes tras la muerte de su socio más cercano, quien fue devorado por un extraño tiburón de color azul. Desesperado por vengar su muerte, Steve reúne a un variopinto equipo de inadaptados, que incluye a su nueva asistente, un joven que afirma ser su hijo y una befuddled reportera, para zarpar en su peculiar y destartalada embarcación "Belafonte".

En el transcurso de un intenso y conmovedor día, un hombre enfrenta su destino final, marcado por la traición, el sufrimiento y la redención. La historia sigue a un predicador carismático que, tras haber dedicado su vida a difundir un mensaje de amor y compasión, se encuentra atrapado en un brutal complot de condena. Mientras es arrestado, sufre torturas inimaginables y es llevado ante las autoridades, que lo ven como una amenaza para su poder.