En una reinterpretación oscura y fantástica de la historia, seguimos la vida de un joven Abraham Lincoln, cuya vida da un giro inesperado tras la trágica muerte de su madre, que resulta ser obra de un vampiro. Consumido por la rabia y el deseo de venganza, Lincoln se embarca en una misión secreta para erradicar a estas criaturas de la noche que, a lo largo de los años, han estado manipulando eventos en la sociedad humana.

En un mundo posapocalíptico, lo que queda de la humanidad está a merced de poderosas máquinas que han erradicado a los humanos. En medio de este caos, un grupo de pequeñas criaturas, cada una representando un rasgo de la alma humana, ha sido creada por un científico moribundo. Estas entidades, diminutas y valientes, deben luchar por sobrevivir en un entorno totalmente hostil. Cada una tiene un número que las identifica, y a medida que se enfrentan a los temibles autómatas, van descubriendo la importancia de trabajar juntas.

En un mundo donde la rutina parece ser la norma, Wesley Gibson es un joven contador atrapado en una vida monótona y gris. Sin embargo, todo cambia cuando una misteriosa mujer llamada Fox irrumpe en su existencia. Después de presenciar la muerte de su mejor amigo a manos de un grupo de asesinos, Wesley se entera de que su padre no solo fue un asesino a sueldo, sino que también pertenecía a una sociedad secreta de élite dedicada a eliminar criminales implacables.