Han pasado algunos años desde el final de la Guerra Shinobi. Naruto Uzumaki es el séptimo Hokage de Konoha, en esta nueva era. Su hijo, Boruto Uzumaki, pronto entrará en los exámenes de Chunin, junto Sarada Uchiha y el misterioso Mitsuki.
Los Caballeros del Zodiaco: La Leyenda del Santuario sigue de cerca a cinco jóvenes guerreros conocidos como Los Caballeros de Bronce (Seiya, Shiryu, Shun, Hyoga e Ikki), los cuales tienen la misión de proteger a Saori Kido, una joven con misteriosos poderes que resulta ser la reencarnación de la diosa Atenea. Cuando la muchacha es atacada con una flecha mágica, estos santos protectores, para salvar su vida, deben atravesar, en doce horas, los doce Templos del Zodiaco en el Santuario de Atenea, cada uno de ellos custodiados por un Caballero de Oro.
La película se basa en una realidad alterna del universo de Naruto, en la que él nunca perdió a sus padres, y Tobi, (el villano enmascarado), lleva a cabo su plan "Ojo de Luna" para gobernar el mundo, sumiéndolo bajo una ilusión. En esta película los personajes como Sasuke Uchiha tiene una personalidad más agradable y gentil, además de que le gusta Sakura Haruno.
Cronológicamnte se encuentra situada entre los episodios 72 y 73. La película trata del potencial inicio de una Cuarta Gran Guerra Mundial Shinobi cuando ninjas poseedores de Kekkei Genkai comienzan a desaparecer de Kumogakure, Iwagakure, Kirigakure, y Sunagakure. Como es la única aldea que no es afectada por estos sucesos, Konohagakure es señalada como la causante de este incidente, y comienzan a circular rumores de una posible rebelión.
Cuando un misterioso grupo de Shinobi realiza un ataque sorpresa sobre Konoha, la villa queda en ruinas después del ataque. Hasta entonces surge la posibilidad de que otra guerra shinobi pudiera desatarse. Mientras tanto, Sasuke -que abandonó a Kanoha para vengar a su clan por la muerte de su hermano Itachi- reaparece con sus amigos por segunda vez.
