En la tercera entrega del icónico erizo azul, Sonic se encuentra disfrutando de su vida tranquila en Green Hill Zone, pero no por mucho tiempo. Cuando un antiguo rival, Shadow, irrumpe en su mundo, las cosas toman un giro dramático. Shadow, concebido en un laboratorio secreto, busca venganza contra aquellos que lo crearon y tiene la misión de apoderarse de las Chaos Emeralds para desatar un poder devastador.