La historia comienza con Sonic disfrutando de su nueva vida en Green Hills, donde se siente como un auténtico héroe. Sin embargo, su tranquilidad se ve interrumpida con la llegada de un viejo conocido, el temible Dr. Robotnik, que ha regresado con un nuevo aliado: Knuckles, un erizo rojo con una fuerza impresionante y un rencor hacia Sonic. Juntos, intentan apoderarse de una esmeralda que tiene el poder de destruir civilizaciones.

En un mundo donde los humanos y los seres extraordinarios coexisten, un veloz erizo azul con habilidades impresionantes vive en el aislamiento de Green Hills, un pequeño pueblo de Estados Unidos. Con su energía desbordante y su capacidad para correr a velocidades supersónicas, este carismático personaje anhela hacer amigos, pero su naturaleza inusual lo mantiene en un constante juego del gato y el ratón, especialmente con el gobierno que busca capturarlo.

En la tercera entrega del icónico erizo azul, Sonic se encuentra disfrutando de su vida tranquila en Green Hill Zone, pero no por mucho tiempo. Cuando un antiguo rival, Shadow, irrumpe en su mundo, las cosas toman un giro dramático. Shadow, concebido en un laboratorio secreto, busca venganza contra aquellos que lo crearon y tiene la misión de apoderarse de las Chaos Emeralds para desatar un poder devastador.