En una ciudad sumida en el caos y la delincuencia, un grupo de tortugas mutantes y su maestro, un ratón ninja llamado Splinter, se han ocultado en las sombras mientras luchan por proteger a Nueva York de la amenaza de un peligroso crimen organizado. Todo comienza a cambiar cuando April O'Neil, una intrépida reportera en busca de la verdad, tropieza con la conspiración que involucra a la misteriosa y poderosa organización conocida como el Clan del Pie.
