La historia comienza años después de la devastadora batalla entre Autobots y Decepticons en Chicago, que dejó la ciudad en ruinas. La humanidad, temerosa de los robots transformadores, ha decidido darles la espalda y cazarlos. En medio de este entorno hostil, Cade Yeager, un inventor desempleado, descubre un antiguo camión que no es más que Optimus Prime, el líder de los Autobots, quien ha estado escondido. Al darse cuenta de lo que ha encontrado, Cade se une a su hija, Tessa, y a su amigo Shane para proteger a Optimus de los cazadores de Autobots.

En una ciudad sumida en el caos y la delincuencia, un grupo de tortugas mutantes y su maestro, un ratón ninja llamado Splinter, se han ocultado en las sombras mientras luchan por proteger a Nueva York de la amenaza de un peligroso crimen organizado. Todo comienza a cambiar cuando April O'Neil, una intrépida reportera en busca de la verdad, tropieza con la conspiración que involucra a la misteriosa y poderosa organización conocida como el Clan del Pie.

En un mundo donde la lealtad y la traición se entrelazan en un juego peligroso, un equipo de élite conocido como los Joes se enfrenta a una crisis sin precedentes. Tras ser traicionados por uno de sus propios miembros, los valientes soldados deben luchar no solo por su supervivencia, sino también por la seguridad de la nación. Cuando un grupo de villanos liderados por el infame Zartan logra suplantar a altos funcionarios del gobierno, los Joes se ven obligados a salir de las sombras para desmantelar una conspiración que amenaza con desatar el caos a nivel mundial.

En un mundo donde Autobots y Decepticons luchan por la supremacía, los humanos se ven atrapados en medio de esta guerra intergaláctica. La historia comienza con un descubrimiento impactante: una antigua nave de Cybertron ha sido hallada en la Luna, desatando una carrera entre los dos bandos. Los Autobots, liderados por Optimus Prime, intentan proteger a la humanidad y descubrir los secretos que esta nave oculta, mientras que los Decepticons, dirigidos por el despiadado Megatron, buscan obtener un poder devastador.