La historia comienza con Sonic disfrutando de su nueva vida en Green Hills, donde se siente como un auténtico héroe. Sin embargo, su tranquilidad se ve interrumpida con la llegada de un viejo conocido, el temible Dr. Robotnik, que ha regresado con un nuevo aliado: Knuckles, un erizo rojo con una fuerza impresionante y un rencor hacia Sonic. Juntos, intentan apoderarse de una esmeralda que tiene el poder de destruir civilizaciones.

En un mundo donde los cuentos de hadas toman un giro inesperado, dos jóvenes brujas se enfrentan a su destino. Elphaba, una chica verde con una inteligencia deslumbrante y una pasión ardiente por la justicia, y Glinda, una rubia encantadora y popular, empiezan como compañeras de cuarto en la Universidad de Magia. Al principio, sus diferencias parecen insalvables: mientras Elphaba es vista como la rara e incomprendida, Glinda brilla con la aprobación de todos.