Sin saberlo, le abrió las puertas al caos. Ahora, Suzume, una chica de diecisiete años, trabaja codo a codo con un misterioso aliado para evitar que Japón sufra más calamidades.
Rika, amiga de la infancia de Yuta Okkotsu, murió en un accidente automovilístico. Su espíritu permanece con él, más ya no es la dulce niña que él conocía. Se manifiesta como una entidad monstruosa y poderosa que lo protege ferozmente.
En la Tierra, Haruo y compañía hacen contacto con la tribu indígena Houtua. Con el objetivo de derrotar a Godzilla, se dirigen a la vieja instalación de Mechagodzilla.
Su argumento nos sitúa en un escenario apocalíptico, 20.000 años en el futuro, donde Godzilla reina sobre la Tierra. Sólo unos pocos humanos quedan para enfrentarse a la bestia. En “Godzilla: The Planet Eater”, la ciudad de Mechagodzilla, cumbre del avance científico y esperanza de la humanidad, ha sido reducido a cenizas y Godzilla Earth campa a sus anchas. Sin embargo, al monstruo todavía le queda un desafío: la bestia alada King Ghidorah.
Mitsuha es la hija del alcalde de una pequeña ciudad de montaña. Es una joven sencilla de escuela secundaria que vive con su hermana y su abuela y no tiene ningún reparo en que se sepa que no está interesada en los rituales sintoístas ni en ayudar a la campaña electoral de su padre. En su lugar sueña con abandonar la aburrida ciudad y probar suerte en Tokio. Taki es un chico de secundaria en Tokio que trabaja medio tiempo en un restaurante italiano y aspira a convertirse en arquitecto o artista. Cada noche tiene un extraño sueño donde se convierte...
Takao, quien está entrenando para convertirse en un zapatero, se salta la escuela para dibujar zapatos en un jardín de estilo japonés, un día se encuentra con una misteriosa mujer, Yukino, que es mayor que él. Los dos se comienzan a ver una y otra vez, pero sólo en días de lluvia. Con el tiempo ellos empiezan a profundizar su relación y a abrirse el uno al otro. Pero el final de la temporada de lluvias está muy cerca.
