Un joven une fuerzas con el detective Pikachu para desentrañar el misterio detrás de la desaparición de su padre. El dúo dinámico descubre una trama tortuosa que representa una amenaza para el mundo Pokémon.

Tras una serie de cataclismos que forzaron a la humanidad a abandonar la Tierra, Nova Prime se convirtió en su nuevo hogar. Tras una larga misión fuera de ese planeta, el legendario general Cypher Raige regresa en compañía de su hijo Kitai. En medio de una tormenta de asteroides, la nave se avería y se estrella contra la Tierra, lugar desconocido y peligroso en el que todos los seres vivos no tienen más objetivo que eliminar a los hombres.