En un Tokio oscuro y desolado, un joven llamado Kei Kurono se encuentra atrapado en una batalla surrealista entre la vida y la muerte. Después de perder la vida en un accidente, se despierta en un extraño apartamento donde un grupo de desconocidos también ha sido convocado. En este nuevo mundo, todos están ligados por un extraño dispositivo, una esfera negra que los obliga a participar en violentas misiones para cazar criaturas alienígenas que nublan la ciudad.

En un mundo donde la mitología y la realidad se entrelazan, un grupo de jóvenes guerreros conocidos como los Santos de Atena están destinados a proteger a la diosa de la guerra y la justicia. La historia comienza cuando Seiya, un impetuoso joven huérfano, es elegido para convertirse en uno de estos defensores sagrados tras recibir una poderosa armadura inspirada por Pegaso. Sin embargo, no todo es fácil en su camino. Los Santos deben enfrentar a los temibles Caballeros del Santuario, quienes, bajo el mandato del malvado Papa, han decidido desatar el caos en el mundo.