En un día cualquiera en Fondo de Bikini, la paz se ve amenazada cuando una misteriosa fórmula secreta que permite preparar las deliciosas hamburguesas cangrejo desaparece. Sin esta receta, el Crustáceo Cascarudo corre el riesgo de cerrar y, con él, todos los sueños de SpongeBob y sus amigos. Pero no se preocupen, porque SpongeBob, junto a su inseparable amigo Patrick, el escurridizo Calamardo y el inteligente Don Cangrejo, decide embarcarse en una épica aventura en busca del ladrón que ha robado la fórmula y restaurar la tranquilidad de su hogar.

En una pequeña ciudad de Michigan, el tiempo se convierte en un enemigo cuando un grupo diverso de ciudadanos se enfrenta a una serie de tornados devastadores que amenazan con arrasar todo a su paso. Con la naturaleza desatada, el caos se apodera de la localidad mientras un equipo de meteorólogos y cazadores de tormentas se lanzan a la carretera para documentar la furia del clima extremo.