En una ciudad donde los héroes llevan capas, los adorables animales domésticos de estos superhéroes se quedan en la sombra. Pero cuando Lex Luthor roba la poderosa kryptonita y amenaza con acabar con Superman y la Liga de la Justicia, es hora de que los mascotas tomen el protagonismo. Crypto, el perro de Superman, quien tiene habilidades similares a las de su dueño, se siente un poco excluido y frustrado por la falta de acción en su vida canina.

En esta divertida aventura animada, nos encontramos con un grupo de amigos inseparables: Scooby-Doo y su leal pandilla, Fred, Daphne, Velma y Shaggy, quienes se embarcan en una emocionante búsqueda que pone a prueba su amistad. Todo comienza cuando se ven envueltos en una trama que involucra a un misterioso villano que amenaza con desatar a los perros fantasmas sobre el mundo y destruir la convivencia entre humanos y caninos.