En esta escalofriante secuela, Kirsty Cotton se encuentra atrapada en un mundo aterrador después de los eventos traumáticos que vivió en la primera entrega. Tras sobrevivir al encuentro con los inquietantes Cenceros, es ingresada en un hospital psiquiátrico, donde su cordura es cuestionada y su historia es considerada una mera alucinación. Sin embargo, mientras lucha por recuperar su vida normal, se convierte en el objetivo de un siniestro psiquiatra que tiene sus propios planes oscuros.

En un futuro cercano, Ellen Ripley, la única sobreviviente de un encuentro mortal con una especie alienígena, es despertada de un largo sueño criogénico. Pasados 57 años desde su última aventura, se entera de que la colonia donde la tripulación de su nave científica había encontrado el temido xenomorfo ha sido destruida. Sin embargo, hombres y mujeres en la Tierra siguen escépticos de la amenaza que representa esta criatura.

En un mundo donde la telepatía y la manipulación mental son realidades inquietantes, un grupo de individuos con habilidades psíquicas, conocidos como "scaners", se convierte en el centro de un oscuro experimento gubernamental. La trama sigue a Cameron Vale, un joven solitario que descubre que posee estas capacidades, aunque al principio no comprende la magnitud de su poder.