En una isla tropical, unos científicos dirigen experimentos meteorológicos y se encuentran con enormes mantis y una gigantesca araña que está atacando al hijo de Godzilla. El gran monstruo volverá para defender a su hijo…
Una misteriosa isla ha sido colonizada por una extraña organización terrorista de tintes comunistas llamada Red Bamboo, que ha esclavizado a la población indígena y que se dedica a la fabricación de bombas atómicas. En esta isla vive la langosta gigante Ebirah, que se encarga de devorar a todos aquellos que intentan escapar del lugar, hasta que un rayo despierta a Godzilla, dormido casualmente en el interior de una gruta de la isla.
El detective Shindo es asignado para proteger a la princesa Salno cuando un meteorito aterriza en Kurobe. Salno emerge como una profetisa y llama la atención de la periodista Naoko y de las hadas de Mothra con su premonición de la llegada de un poderoso monstruo espacial. Si Mothra no convence a Godzilla y Rodan de que dejen de lado su odio hacia la humanidad, tendra que enfrentarse al monstruo sola.
Eric Carter reporta la expedición de una firma de productos farmacéuticos y el viaje a la isla Farou para recoger bayas rojas con fuertes poderes somníferos. En la isla los miembros de la expedición descubrirán un gorila de enormes dimensiones que acabarán llevándose a Tokyo. El gigantesco simio será utilizado después por las autoridades para detener a Godzilla, liberada después de la explosión del iceberg que la mantenía prisionera, con un apoteósica lucha final en el Monte Fuji.
En el Japón de la era Tokugawa, un grupo de nueve jóvenes samuráis está decidido a acabar con la corrupción reinante y a acabar con todos los que están relacionados con ella. Consiguen el apoyo del inspector de policía Kikui y se preparan para llevar a cabo su plan. Poco después, aparece Sajuro, un personaje salido de entre las sombras, que empezará a actuar y a poner orden en medio del caos.
