En una isla tropical, unos científicos dirigen experimentos meteorológicos y se encuentran con enormes mantis y una gigantesca araña que está atacando al hijo de Godzilla. El gran monstruo volverá para defender a su hijo…
El detective Shindo es asignado para proteger a la princesa Salno cuando un meteorito aterriza en Kurobe. Salno emerge como una profetisa y llama la atención de la periodista Naoko y de las hadas de Mothra con su premonición de la llegada de un poderoso monstruo espacial. Si Mothra no convence a Godzilla y Rodan de que dejen de lado su odio hacia la humanidad, tendra que enfrentarse al monstruo sola.
Periodistas Ichiro Sakai y Junko reportan en la secuelas de un tifón cuando un huevo gigantesco es encontrado y comprado por empresarios codiciosos. Las hadas de Mothra llegan para súplica por su regreso con la ayudada de los periodistas. Con sus solicitudes negados, Godzilla apparece en Nagoya, y la gente de la Isla Mothra debe decidir si están dispuestos a ayudar a Japón.
Eric Carter reporta la expedición de una firma de productos farmacéuticos y el viaje a la isla Farou para recoger bayas rojas con fuertes poderes somníferos. En la isla los miembros de la expedición descubrirán un gorila de enormes dimensiones que acabarán llevándose a Tokyo. El gigantesco simio será utilizado después por las autoridades para detener a Godzilla, liberada después de la explosión del iceberg que la mantenía prisionera, con un apoteósica lucha final en el Monte Fuji.
