En un mundo donde las fuerzas de la naturaleza y los monstruos gigantes coexisten, la tranquilidad de Japón se ve amenazada por el regreso de un antiguo enemigo: un monstruoso ser que emerge de las profundidades del océano y que siembra el caos a su paso. Los habitantes de la isla de Mothra, cada vez más preocupados por la devastación ocasionada por este coloso, envían un mensaje de auxilio a la famosa polilla gigante, conocida por su habilidad para proteger la Tierra y su continua lucha contra el mal.

En un futuro no muy lejano, la humanidad enfrenta una amenaza extraterrestre que podría llevar al planeta al borde de la destrucción. Un misterioso planeta, que aparece repentinamente en la órbita terrestre, es en realidad un nuevo hogar para una raza alienígena con intenciones bastante siniestras. Estos seres, conocidos como los Goras, desatan una serie de catástrofes naturales y se introducen en la vida de los humanos, sembrando el caos a su paso.