En un mundo donde la tecnología y la naturaleza chocan de formas sorprendentes, el equilibrio entre humanos y monstruos se ve amenazado una vez más. Después de la victoria de Godzilla sobre sus enemigos anteriores, una nueva amenaza emerge de las sombras: un Mechagodzilla, una versión robótica del legendario monstruo, que ha sido diseñado por una misteriosa fuerza extraterrestre. La brillante pero despiadada inteligencia detrás de este proyecto tiene como objetivo conquistar la Tierra, utilizando a Mechagodzilla como su arma definitiva.

En un mundo donde la contaminación está alcanzando niveles alarmantes, la ciudad japonesa se convierte en un campo de batalla entre la naturaleza y el desastre ecológico. En este contexto, un extraño y extraño monstruo emerge de las profundidades del agua: una criatura hecha de desechos y polución que se alimenta de la suciedad que los humanos han dejado atrás. Este ser, cuyo nombre es Hedra, comienza a sembrar el pánico, devorando todo a su paso y liberando gases tóxicos que generan caos y destrucción.

En un futuro no muy lejano, la humanidad enfrenta una amenaza extraterrestre que podría llevar al planeta al borde de la destrucción. Un misterioso planeta, que aparece repentinamente en la órbita terrestre, es en realidad un nuevo hogar para una raza alienígena con intenciones bastante siniestras. Estos seres, conocidos como los Goras, desatan una serie de catástrofes naturales y se introducen en la vida de los humanos, sembrando el caos a su paso.