En un mundo donde las fuerzas de la naturaleza y los monstruos gigantes coexisten, la tranquilidad de Japón se ve amenazada por el regreso de un antiguo enemigo: un monstruoso ser que emerge de las profundidades del océano y que siembra el caos a su paso. Los habitantes de la isla de Mothra, cada vez más preocupados por la devastación ocasionada por este coloso, envían un mensaje de auxilio a la famosa polilla gigante, conocida por su habilidad para proteger la Tierra y su continua lucha contra el mal.