Un niño viviendo en la ciudad industrial de Kawasaki enfrenta su soledad a través de sus sueños y fantasías en la Isla de los Monstruos y su amistad con Minilla, el hijo de Godzilla. Todo mientras se enfrenta a los bullies que lo atormentan y un par de ladrones.

En 1999, la UNSC (United Nations Scientific Council) ha reunido a todos los grandes monstruos en una zona de la isla de Ogasawara denominada Monsterland, con el objetivo de estudiarlos a fondo, controlándolos mediante un complejo campo electromagnético. Entre los monstruos kaijus se encuentran nada menos que: Godzilla, Mothra, Ghidorah, Rodan, Baragon, Varan, Kumonga, Manda, Minilla, Gorosaurus y Anguirus.

En una isla tropical, unos científicos dirigen experimentos meteorológicos y se encuentran con enormes mantis y una gigantesca araña que está atacando al hijo de Godzilla. El gran monstruo volverá para defender a su hijo…

Una misteriosa isla ha sido colonizada por una extraña organización terrorista de tintes comunistas llamada Red Bamboo, que ha esclavizado a la población indígena y que se dedica a la fabricación de bombas atómicas. En esta isla vive la langosta gigante Ebirah, que se encarga de devorar a todos aquellos que intentan escapar del lugar, hasta que un rayo despierta a Godzilla, dormido casualmente en el interior de una gruta de la isla.