En un mundo donde la humanidad ha aprendido a coexistir con monstruos gigantes, una inusual amenaza emerge del paisaje lechoso de la Tierra. Tras un misterioso ataque de criaturas prehistóricas, los distintos kaiju, incluyendo los icónicos Godzilla, Mothra y Rodan, se ven irresistiblemente atraídos hacia la ciudad. Lo que en un principio se percibe como un ataque descontrolado, pronto revela tener un trasfondo mucho más complejo y oscuro: manipulaciones alienígenas que desean tomar el control del planeta.

En una remota y misteriosa isla, el equilibrio del mundo se ve amenazado cuando un grupo de exploradores descubre un antiguo secreto que despierta la furia de criaturas gigantes. Entre estas bestias, un joven Godzilla se muestra como el héroe accidental de esta historia. Mientras su padre, el poderoso Godzilla, sigue siendo la leyenda que todos temen, es su hijo el que debe enfrentarse a un rival formidable: un monstruo de la antigüedad que ha estado dormido durante siglos.

En un remoto archipiélago en el Océano Pacífico, un grupo de científicos, en busca de un nuevo recurso que salve a la humanidad, se encuentra con un peligro inesperado: unas enormes criaturas marinas que han sido despertadas por la explotación humana. Primero aparece el monstruo gigante que es una especie de rey de los océanos, un crustáceo titánico que se hace llamar Ebirah. Este coleccionista de plomo es una amenaza devastadora para la isla y sus habitantes.

En un futuro no muy lejano, la humanidad enfrenta una amenaza extraterrestre que podría llevar al planeta al borde de la destrucción. Un misterioso planeta, que aparece repentinamente en la órbita terrestre, es en realidad un nuevo hogar para una raza alienígena con intenciones bastante siniestras. Estos seres, conocidos como los Goras, desatan una serie de catástrofes naturales y se introducen en la vida de los humanos, sembrando el caos a su paso.