En una divertida aventura animada inspirada en la popular serie de televisión, Fred Flintstone se ve arrastrado a un enredo de espionaje internacional. Todo comienza cuando el inconfundible protagonista, un hombre de familia de la era de piedra, es confundido con un agente secreto altamente capacitado. Mientras Fred intenta disfrutar de un día normal de trabajo en la cantera, un grupo de villanos lo acaba envolviendo en una peligrosa misión: debe detener el malvado plan del Dr. Sinister, que busca apoderarse del mundo con su temible dispositivo.