En un mundo marcado por la amenaza de los seres mutantes, la humanidad se enfrenta a una nueva preocupación: una planta gigantesca creada a partir del ADN de Godzilla y de un ser humano. Esta planta, conocida como Biollante, ha adquirido una inteligencia propia y se revela como un ser aterrador que combina lo mejor de los mundos vegetal y animal. Mientras tanto, Godzilla emerge una vez más del océano para reclamar su territorio y desatar el caos, lo que provoca una alarma en el gobierno japonés.