En un mundo donde la tecnología y la naturaleza chocan de formas sorprendentes, el equilibrio entre humanos y monstruos se ve amenazado una vez más. Después de la victoria de Godzilla sobre sus enemigos anteriores, una nueva amenaza emerge de las sombras: un Mechagodzilla, una versión robótica del legendario monstruo, que ha sido diseñado por una misteriosa fuerza extraterrestre. La brillante pero despiadada inteligencia detrás de este proyecto tiene como objetivo conquistar la Tierra, utilizando a Mechagodzilla como su arma definitiva.
En un mundo donde la paz parece frágil, la humanidad se enfrenta a una amenaza que nació del fondo del océano. Un joven inventor llamado Gengo es el encargado de proteger a su hermano sordo, quien tiene una conexión especial con el sonido. Mientras Gengo trabaja en su revolucionaria máquina submarina, un extraño mensaje llega de una civilización bajo el agua: una raza de seres marinos está en apuros. Estos habitantes de la tierra de Seatopia han sido atacados por un monstruo gigantesco que desea arrasar su hogar.