En las profundidades del océano, Bikini Bottom está en medio de una crisis masiva. La paz y la tranquilidad del hogar de Bob Esponja y sus amigos se ven amenazadas cuando un malvado villano submarino, el Dr. Plankton, lanza un plan siniestro para robar la fórmula secreta de la Krabby Patty. Sin embargo, esto no es todo; en su intento por hacerse con el control total, el villano decide secuestrar a Sandy Cheeks, la ardilla científica de inteligencia singular y experta en artes marciales, quien es la única que puede ayudar a detenerlo.