En un mundo donde los dioses parecen tener más control sobre el destino de la humanidad que sus propios habitantes, un valiente grupo de jóvenes guerreros conocidos como los Caballeros del Zodiaco se enfrenta a su desafío más grande hasta la fecha. La historia se concentra en dos protagonistas principales: Seiya, el caballero de Pegaso, y sus amigos, quienes han jurado proteger a Atenea, la reencarnación de la diosa de la sabiduría y la guerra. Sin embargo, todo cambia cuando una oscura profecía sobre el renacer de un antiguo mal amenaza con desatar el caos en el mundo.

En un mundo postapocalíptico, donde la Tierra ha sido devastada por la guerra y la contaminación, la joven princesa de un pequeño reino, que se encuentra entre un bosque tóxico llamado el Pantano de la Putrefacción, lucha por encontrar un equilibrio entre la humanidad y la naturaleza. Convencida de que la guerra solo traerá más destrucción, ella defiende a las criaturas que habitan ese bosque envenenado, incluyendo a los gigantescos insectos conocidos como Ohmu.

En un futuro distante, donde los humanos han alcanzado las estrellas, nos encontramos con un joven llamado Tetsuro, que vive en un mundo donde la humanidad se ha vuelto casi robótica. Después de perder a su madre en un trágico accidente, su vida toma un rumbo inesperado cuando decide embarcarse en un viaje a bordo de un tren espacial que surca la galaxia. Su objetivo: encontrar el misterioso planeta donde se promete la vida eterna, donde las personas pueden convertirse en máquinas.