En esta emocionante aventura, Ben Tennyson, el joven héroe de 10 años que tiene la increíble habilidad de transformarse en diferentes alienígenas gracias a un dispositivo conocido como Omnitrix, se enfrenta a su mayor desafío hasta la fecha. Mientras disfruta de un día normal en su verano, Ben se encuentra con una misteriosa figura en el parque: un villano del futuro llamado Vilgax, que ha regresado en el tiempo con un plan perverso para apoderarse del Omnitrix.

En un mundo donde la realidad es solo una simulación creada por máquinas, Neo, el Elegido, se encuentra en una constante lucha por liberar a la humanidad de la opresión digital. Después de haber despertado a la verdad sobre la Matrix, se une a sus compañeros de resistencia, Morfeo y Trinity, quienes están decididos a desmantelar el sistema que controla sus vidas. Sin embargo, el tiempo se agota. Las máquinas están preparando un ataque masivo contra Zion, la última ciudad de los humanos, y su destino se torna cada vez más incierto.