En un universo devastado por la guerra, la lucha entre la Federación Terrestre y el Imperio Zeon continúa, dejando a su paso un rastro de destrucción y tragedia. La historia sigue a Amuro Ray, un joven piloto de mechas que se ve atrapado en el conflicto. Amuro ha crecido desde su primera batalla y ahora enfrenta no solo a sus enemigos, sino también sus propios demonios internos.