La película tiene como personaje principal a Luna quién vive una extraña aventura y se enamora de un humano. La llegada de un cometa trae consigo a una ancestral enemiga del milenio de plata. La cual causo la anterior era glacial.

Fiore es un extraterrestre que vuelve a la Tierra a buscar a Mamoru Chiba tras haberlo conocido años antes, cuando ambos aún eran niños. Usagi y las demás Sailor Senshi dudan acerca del tipo de relación entre ellos, hasta que Mamoru es raptado por Fiore y llevado a su planeta. Las Sailor Senshi deben entonces enfrentarse a Fiore y a sus tropas de flores malignas (unas flores con forma humana) para salvar al joven.

Una raza alienígena, los Zentraedi, atraviesan la galaxia con destino a la Tierra. Con un ejército de naves que se cuenta por millones y una tecnología mucho más avanzada que la de los humanos, los Zentraedi no necesitarán demasiado tiempo para acabar con la raza humana y recuperar una de sus naves, que se estrelló en el planeta tiempo atrás.