En un futuro post-apocalíptico, la humanidad se encuentra al borde de la extinción tras un cataclismo global. Tokio-3, una de las pocas ciudades sobrevivientes, se ha transformado en el campo de batalla contra unos seres misteriosos conocidos como Ángeles, que amenazan con destruir lo que queda de la civilización. La organización clandestina NERV, encargada de proteger a la humanidad, ha desarrollado unos enormes mechas llamados Evangelions, pilotados por adolescentes elegidos, capaces de enfrentarse a estas criaturas.
La historia sigue a Shinji Ikari, un chico solitario que es convocado por su padre, Gendo, para pilotar uno de estos poderosos mechas. Sin embargo, la relación entre padre e hijo está marcada por la fría indiferencia de Gendo, y la carga que Shinji debe llevar resulta abrumadora. A medida que se adentra en este mundo de conflictos y responsabilidades, el joven se enfrenta no solo a los Ángeles, sino también a sus propios demonios internos.
A su lado, encuentra a otros pilotos, como Rei Ayanami, una enigmática chica con un oscuro secreto, y Asuka Langley, quien aporta un toque de competencia y rivalidad. Mientras los ataques de los Ángeles se intensifican, Shinji debe aprender a lidiar con la presión de ser un héroe y la soledad que acompaña a su papel. La lucha no es solo externa, pues los verdaderos enemigos son las batallas emocionales que libra consigo mismo y con su pasado.