En un futuro distópico, un grupo de personas vive aislado en una sociedad utópica que parece perfecta, pero en realidad es una fachada. Los residentes, que creen ser los últimos sobrevivientes de un cataclismo global, llevan una vida rutinaria y controlada, con la expectativa de ser elegidos para "ir a The Island", un lugar soñado que representa una segunda oportunidad en la vida. Sin embargo, lo que no saben es que son clones, creados para abastecer a sus ricos "patrones" con órganos y tejidos, cuando estos lo necesiten.
Cuando Lincoln Six Echo, uno de los protagonistas, comienza a tener dudas sobre su existencia y el mundo en el que vive, se siente atraído por una relación prohibida y empieza a cuestionar las verdades que le han enseñado. Todo cambia cuando descubre la verdadera naturaleza de su existencia. Junto a su amiga Jordan Two Delta, decide escapar de su opresivo entorno y enfrentar la realidad del mundo exterior, que es muy diferente al que les habían mostrado.
En su frenética huida, estos inexpertos fugitivos no solo buscarán su libertad, sino que también tendrán que lidiar con una organización destinada a capturarlos y un mundo que resulta ser un terreno hostil y complicado. Mientras huyen, la pareja desvincula los misterios de su propia existencia y lucha por encontrar su lugar en un mundo donde el significado de la vida y la libertad se redefine constantemente.