En un mundo devastado por la humanidad y asediado por misteriosas criaturas conocidas como Ángeles, un grupo de adolescentes se ve forzado a pilotar enormes mechas llamados Evas. La historia sigue a Shinji Ikari, un joven inseguro que ha sido convocado por su padre, Gendo, para que asuma el control de uno de estos poderosos robots. A medida que lucha por encontrar su lugar en un mundo caótico, Shinji se enfrenta no solo a enemigos externos, sino también a sus propios demonios internos.
A través de épicas batallas y profundas interacciones con sus compañeros, como la enigmática Rei Ayanami y la impulsiva Asuka Langley, se revela una trama llena de intrigas y secretos. El equipo de pilotos debe reconciliar sus traumas personales mientras luchan por salvar a la humanidad. Sin embargo, las imágenes surrealistas y la complejidad emocional de los personajes añaden una capa extra de confusión y misterio a la historia.
Mientras la batalla contra los Ángeles se intensifica, Shinji se siente cada vez más asfixiado por las expectativas y la presión del deber. Con el desenlace acercándose, la película se adentra en el cruce entre la desesperación, la desesperanza y la búsqueda de identidad en un universo que parece estar en contra de la humanidad. En una confrontación climática, se revelan verdades que cambiarán irrevocablemente la vida de los protagonistas y la forma en que perciben su propia existencia.